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Identificación y Detección Molecular de patógenos

¿Necesitas saber qué hay en tus muestras antes de tratar, rechazar un lote o liberar un envío? ¿O buscas un método propio, sencillo y reproducible, para comprobarlo de forma rutinaria? Puedo ayudarte con:

Servicios complementarios (a pedido)

No es teoría: cuando no existía ninguno, desarrollé para los cacaoteros colombianos un método de qPCR confiable para cuantificar las esporas de la moniliasis en campo (Journal of Fungi, 2023).

Nota: todo servicio contratado incluye su reporte final, consolidando los resultados y los métodos de cada análisis, en el que obtendrás:

Para más detalle ver Condiciones del servicio.

Identificación Taxonómica de Patógenos

Si ya tienes tus secuencias pero necesitas ayuda analizándolas, puedo ayudarte con la asignación taxonómica de tu aislado.

Aportas:

  • Secuencias Sanger de marcadores estándar: 16S rRNA (bacterias), ITS (hongos y oomicetos), TEF1-α (hongos), cox1 (oomicetos), o amplicón de RT-PCR específico de algún grupo de virus o viroides (.ab1 o FASTA).

Nota: La secuenciación no está incluida; las secuencias las genera tu laboratorio o uno aliado.

Recibes:

  • Asignación taxonómica con porcentaje de identidad (TSV).
  • Árbol filogenético, si aplica (Newick/imagen).
  • Reporte consolidado (PDF).

Tiempo de entrega: de 1 a 2 días hábiles desde que recibo las secuencias.

Método y herramientas
  • Control de calidad de cromatogramas, consenso forward/reverse y asignación taxonómica — sangeranalyseR; BLAST contra bases curadas (UNITE para ITS en hongos; SILVA/NCBI para 16S en bacterias)
  • Virus y viroides: identidad contra RefSeq viral (NCBI Virus) e interpretación según los criterios de demarcación del ICTV — BLAST, SDT
  • Confirmación filogenética (opcional) — MAFFT, IQ-TREE

Si de lo que dispones es un genoma ensamblado, puedes pedir su identificación como servicio complementario.

Precio: desde 120 € por aislado; 90 € por aislado a partir de tres.

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Desarrollo de Protocolos de Detección por PCR y qPCR

Si lo que buscas es un método confiable para evaluar tus muestras, puedo ayudarte a diseñar el ensayo y su plan de validación por PCR o qPCR —RT-PCR/RT-qPCR para virus y viroides de RNA— con los criterios MIQE/EPPO PM 7/98 para detectar un patógeno concreto en tus muestras. No se requieren datos de secuenciación.

Aportas:

  • El nombre del patógeno: hongo, oomiceto, bacteria, virus o viroide (especie o género).
  • El tipo de muestra: tejido del hospedero, semilla, suelo o agua.

Recibes:

  • Secuencias de primers listas para síntesis (TSV).
  • Reporte de especificidad in silico (TSV/PDF).
  • Protocolo propuesto con plan de validación (PDF).
  • Reporte de desempeño del ensayo validado (PDF).

Tiempo de entrega: los tiempos del diseño de los primers, su verificación in silico y el desarrollo del protocolo son de 5 a 10 días hábiles, dependiendo de la disponibilidad de información pública del patógeno y de la complejidad de la muestra; la validación experimental avanza al ritmo de tu laboratorio. El plazo se fija en la cotización.

Método y herramientas
  • Selección de la región diana, específica del patógeno, a partir de secuencias públicas — BLAST, MAFFT
  • Diseño de primers para PCR convencional y qPCR — Primer3
  • Verificación de especificidad in silico frente a hospedero y organismos cercanos, dímeros y PCR virtual — Primer-BLAST, MFEprimer
  • Definición del protocolo y del plan de validación — condiciones y controles
  • Asesoría durante el montaje en el laboratorio — interpretación de corridas y solución de problemas
  • Análisis de los datos de validación — eficiencia, linealidad y límite de detección (R)

Si ya cuentas con un método de PCR o qPCR y lo que necesitas es incrementar la especificidad de tus ensayos, también te puedo ayudar con el diseño de primers y sondas TaqMan como un servicio complementario.

Nota: La parte experimental (síntesis de oligos y corridas de PCR/qPCR) no está incluida; la ejecuta tu laboratorio o uno aliado, con acompañamiento del servicio. Si ya cuentas con primers propios, el servicio puede empezar directamente en la definición del protocolo, previa verificación in silico de los oligos.

Precio: desde 1.800 €.

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Servicios complementarios

Servicios especializados que se prestan a pedido, como complemento de los anteriores, cuando el caso necesita más resolución de la que dan los marcadores estándar y los protocolos de rutina.

Identificación Taxonómica a partir de Genomas

Cuando los marcadores estándar no son suficientes para separar entre especies cercanas o razas de una misma especie, te puedo ayudar con la asignación taxonómica partiendo de un genoma ensamblado (Ómicas).

Aportas:

  • Genoma ensamblado o secuencia viral completa (FASTA).

Recibes:

  • Asignación taxonómica con porcentaje de identidad (TSV).
  • Árbol filogenético, si aplica (Newick/imagen).
  • Reporte consolidado (PDF).

Tiempo de entrega: se confirma en la cotización, tras revisar el caso.

Método y herramientas
  • Identidad promedio de nucleótidos (ANI) y clasificación por genes marcadores — FastANI; BLAST contra bases curadas (UNITE para ITS en hongos; SILVA/NCBI para 16S en bacterias)
  • Virus y viroides: identidad contra RefSeq viral (NCBI Virus) e interpretación según los criterios de demarcación del ICTV — BLAST, SDT
  • Confirmación filogenética (opcional) — MAFFT, IQ-TREE

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Diseño Avanzado de Primers y Sondas TaqMan

Esta es una extensión del servicio de protocolos: ya sabes quién es tu patógeno, pero necesitas primers para otros genes que te den mayor especificidad.

Aportas (una de las dos modalidades):

  • Genoma ensamblado del patógeno (Ómicas).
  • El nombre del patógeno: recupero las secuencias del gen o marcador de interés de bases de datos públicas.

Recibes:

  • Secuencias de primers y sonda listas para síntesis, con recomendación de fluoróforo y quencher (TSV/PDF).
  • Reporte de especificidad in silico (TSV/PDF).

Tiempo de entrega: se confirma en la cotización, tras revisar el caso.

Método y herramientas
  • Selección de la región diana, específica del patógeno o de la raza de interés — MAFFT, BLAST
  • Diseño de primers y sonda de hidrólisis TaqMan para PCR convencional y qPCR — Primer3
  • Verificación de especificidad in silico frente a hospedero, organismos cercanos y otras razas, dímeros y PCR virtual — Primer-BLAST, MFEprimer
  • Recomendación de fluoróforo y quencher según tu equipo y la compatibilidad múltiplex

Nota: La síntesis de los oligos no está incluida; el entregable son las secuencias listas para ordenar a un proveedor.

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Condiciones del servicio

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