El portal del agrónomo

Ómicas: genómica, transcriptómica y metabarcoding

¿Ya tienes las secuencias de tus muestras y quieres saber cuál es su genoma, cómo cambia la expresión de sus genes entre tus condiciones o qué microorganismos las habitan? Si tu equipo no cuenta con quien haga el análisis, puedo ayudarte con:

Servicios complementarios (a pedido)

Los análisis que realizo ya se han aplicado en proyectos reales, caracterizando las comunidades fúngicas del aguacate ‘Hass’ (Phytobiomes Journal, 2023) y analizando la expresión diferencial en el chancro resinoso del pino (Plant Disease, 2025).

Nota: todo servicio contratado incluye su reporte final, consolidando los resultados y los métodos de cada análisis, en el que obtendrás:

Para más detalle ver Condiciones del servicio.

Genómica: ensamblaje y anotación de genomas

Limitado a genomas microbianos (bacterias, hongos, oomicetos) para un solo organismo. El ensamblaje de genomas de plantas o muestras mixtas (metagenómica shotgun) queda fuera del portafolio básico — se evalúa caso a caso, previa valoración de viabilidad.

Cobertura recomendada: 50× para lecturas cortas o de menos de 2 kb (Illumina, Nanopore/PacBio) y 30× para lecturas de más de 8 kb (Nanopore/PacBio), en bacterias. Más de 75× para hongos filamentosos y oomicetos. Para el cierre del genoma, lo que ayuda es el aumento del tamaño de las lecturas, no el de la cobertura (1, 2, 3).

Ensamblaje de genoma de novo (sin genoma de referencia)

Aportas:

  • Secuencias crudas: el preprocesamiento va incluido (FASTQ).

Recibes:

  • Ensamblaje final (FASTA). Con solo datos Illumina se entrega a nivel de contigs.
  • Reporte de métricas (HTML/TXT).
  • Visualizaciones (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas del ensamblaje de novo
  • Control de calidad de las secuencias — FastQC / MultiQC (Illumina); NanoPlot (Nanopore/PacBio)
  • Remoción de adaptadores y trimming por calidad — fastp (Illumina); Chopper (Nanopore/PacBio)
  • Remoción de secuencias contaminantes del hospedero y contaminación cruzada — minimap2/bowtie2 (mapeo contra hospedero), Kraken2 (screening, opcional)
  • Estimación de tamaño de genoma y complejidad — análisis de k-mers y profundidad de cobertura
  • Ensamblaje (contigs) — SPAdes (short reads); Flye (Nanopore/PacBio); Unicycler (híbrido)
  • Pulido (polishing) — Racon + Medaka (Nanopore); Pilon (ensamblajes híbridos o de long reads, usando short reads)
  • Control de calidad — QUAST, BUSCO; CheckM2 (bacterias)

Precio: desde 420 € por aislado bacteriano.

Volver al Inicio

Ensamblaje de genoma guiado por referencia (mapping)

Aportas:

  • Secuencias crudas: el preprocesamiento va incluido (FASTQ).
  • Genoma de referencia (FASTA).

Recibes:

  • Ensamblaje final (FASTA).
  • Reporte de métricas (HTML/TXT).
  • Visualizaciones (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas del ensamblaje guiado
  • Control de calidad de las secuencias — FastQC / MultiQC (Illumina); NanoPlot (Nanopore/PacBio)
  • Remoción de adaptadores y trimming por calidad — fastp (Illumina); Chopper (Nanopore/PacBio)
  • Remoción de secuencias contaminantes del hospedero y contaminación cruzada — minimap2/bowtie2 (mapeo contra hospedero), Kraken2 (screening, opcional)
  • Alineamiento contra referencia y procesamiento — BWA-MEM (Illumina), minimap2 (Nanopore/PacBio), samtools
  • Llamado de variantes y consenso — bcftools (Illumina); Clair3 (Nanopore/PacBio)
  • Relleno de gaps (opcional) y procesamiento de regiones con baja cobertura — RagTag (patch), bcftools, bedtools
  • Control de calidad — QUAST

Antes de proceder se verifica que la referencia sea suficientemente cercana a la muestra; si no lo es, se recomienda el ensamblaje de novo.

Nota: Al tratarse de un ensamblaje sobre una referencia, con 20–30× de cobertura basta.

Precio: desde 280 € por aislado bacteriano.

Volver al Inicio

Anotación de genomas

Aportas:

  • Genoma ensamblado: propio o generado con los servicios anteriores (FASTA).

Recibes:

  • Anotación estructural (GFF3/GenBank) y proteínas predichas (FAA).
  • Tabla de anotación funcional con términos GO y KEGG, categorías COG y Pfam (TSV).
  • Reporte de completitud (HTML/TXT).
  • Visualizaciones (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas de la anotación
  • Anotación de bacterias, estructural y funcional — Bakta
  • Anotación estructural de hongos y oomicetos — BRAKER
  • Anotación funcional de hongos y oomicetos — eggNOG-mapper; InterProScan (opcional)
  • Control de calidad — BUSCO (modo proteína)

Precio: desde 250 € por genoma bacteriano. La de hongos y oomicetos se evalúa caso a caso.

Volver al Inicio

Genoma bacteriano completo — ensamblaje de novo y anotación de un aislado: desde 600 €. El ensamblaje guiado y la anotación de un aislado: desde 500 €. El ensamblaje y la anotación de los genomas de hongos y oomicetos se evalúan caso a caso.

Transcriptómica: análisis de expresión diferencial

Por estar sujeto a una cuantificación guiada, este análisis se limita a organismos que cuenten con un genoma de referencia debidamente anotado, ya sea del mismo organismo o de una especie cercana. Asimismo, el estudio debe contar con por lo menos 3 réplicas biológicas.

El servicio parte de datos de lectura corta (RNA-seq de Illumina). Los datos de lectura larga (Nanopore/PacBio) se evalúan caso a caso.

Profundidad recomendada: de 5 a 10 M de lecturas por muestra para cultivos puros. 100 M de lecturas por muestra para tejido infectado (RNA-seq dual) cuando el organismo de interés es el patógeno y no el hospedero. En estos sistemas el patógeno rara vez supera el 10 % de las lecturas, así que la profundidad es determinante (4, 5, 6).

Cuantificación guiada por referencia y tablas de abundancia

Aportas:

  • Secuencias crudas: el preprocesamiento va incluido (FASTQ).
  • Genoma de referencia con su anotación génica (FASTA, GTF/GFF3).

Recibes:

  • Tablas de abundancia a nivel de transcritos y de genes (TSV).
  • Visualizaciones (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas de la cuantificación
  • Control de calidad de las secuencias — FastQC / MultiQC
  • Remoción de adaptadores y trimming por calidad — fastp
  • Remoción de rRNA y de secuencias del hospedero, si aplica — SortMeRNA (rRNA), minimap2/bowtie2 (mapeo contra hospedero)
  • Pseudo-alineamiento y cuantificación de transcritos — Salmon
  • Agregación a nivel de gen, con manejo de isoformas — tximport (R)

Precio: desde 750 € hasta 12 muestras, más 45 € por muestra adicional.

Volver al Inicio

Análisis de expresión diferencial

Aportas:

  • Tablas de abundancia a nivel de genes: propias o del servicio anterior (TSV).

Recibes:

  • Tabla de abundancia a nivel de genes filtrada por abundancia (TSV).
  • Tabla de genes diferencialmente expresados con p-value ajustado (TSV).
  • Gráficos: PCA, heatmap de genes, Volcano y MA.
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas de la expresión diferencial
  • Filtrado de genes con baja expresión, normalización y exploración inicial — DESeq2, R (PCA, clustering jerárquico, correlaciones)
  • Prueba de expresión diferencial, con corrección por múltiples comparaciones — DESeq2
  • Visualizaciones de los resultados — R (ggplot2)

Precio: desde 900 €.

Volver al Inicio

Análisis funcional de los genes diferencialmente expresados

Aportas:

  • Lista de genes totales y diferencialmente expresados: con sus identificadores (gen_id), propia o del servicio anterior (TXT).
  • Anotación funcional del organismo: si existe (GO/KEGG).

Recibes:

  • Tablas con términos GO y rutas KEGG enriquecidos (TSV).
  • Gráficos de puntos y de barras (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas del análisis funcional
  • Análisis de enriquecimiento funcional — clusterProfiler

Si el organismo no cuenta con anotación funcional, esta se genera como parte del servicio (eggNOG-mapper).

Precio: desde 420 €.

Volver al Inicio

Transcriptómica completa — cuantificación, expresión diferencial y análisis funcional de 12 muestras: desde 1.900 €.

Metabarcoding: análisis de poblaciones microbianas

Metabarcoding por amplicón (ej. 16S rRNA para bacterias y arqueas, ITS para hongos). Se limita a estudios con por lo menos 3 réplicas biológicas por condición.

Profundidad recomendada: de 10.000 a 20.000 lecturas por muestra en muestras poco diversas (lesión, tejido, cultivo); de 30.000 a 50.000 en muestras más complejas (filosfera, rizosfera o semilla); y de 50.000 a 100.000 en muestras de alta diversidad (suelo, compost o agua). También conviene que la profundidad sea pareja entre muestras: la comparación se hace al nivel de la más pobre (7, 8).

Inferencia de ASVs, asignación taxonómica y tablas de conteo

Aportas:

  • Secuencias crudas: el preprocesamiento va incluido (FASTQ).
  • Secuencias de los primers usados.
  • Controles negativos secuenciados: blancos de extracción y PCR, para el control de contaminación cruzada.

Recibes:

  • Tablas de conteo, normalizadas y sin normalizar, con los ASV de cada muestra y sus abundancias (TSV).
  • Tablas de asignación taxonómica (TSV).
  • Listado de secuencias representativas (FASTA).
  • Árbol filogenético, si aplica (Newick).
  • Visualizaciones (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas de la inferencia de ASVs
  • Control de calidad de las secuencias — FastQC / MultiQC
  • Remoción de primers — cutadapt
  • Filtrado y trimming por calidad — DADA2 (filterAndTrim)
  • Inferencia de ASVs (denoising) y construcción de tablas de conteos con abundancias — DADA2
  • Asignación taxonómica — QIIME2
  • Curación de tablas de conteo, incluido el control de contaminación cruzada contra los controles negativos — QIIME2, decontam
  • Construcción de árbol filogenético, solo si se requiere un análisis de diversidad — MAFFT, FastTree

Precio: desde 950 € hasta 24 muestras, más 30 € por muestra adicional.

Volver al Inicio

Análisis de diversidad y abundancia diferencial

Aportas (todo ello propio o del servicio anterior):

  • Tablas de conteo de ASV, normalizadas y sin normalizar (TSV).
  • Árbol filogenético: si contrataste el servicio anterior, se genera ahí como parte de este análisis (Newick).
  • Metadatos del diseño experimental (TSV).

Recibes:

  • Índices de diversidad alfa por muestra: Shannon, Simpson y ASVs observados (TSV).
  • Significancia estadística entre grupos: Kruskal-Wallis y Wilcoxon (TSV).
  • Curvas de rarefacción (PNG/PDF).
  • Matrices de distancia: Bray-Curtis, Jaccard y UniFrac weighted/unweighted (TSV).
  • Gráfico de ordenación PCoA (PNG/PDF).
  • Tabla y gráfico de significancia PERMANOVA (TSV, PNG/PDF).
  • Tabla de taxones diferenciales entre condiciones, con log fold-change y p-value ajustado (TSV), y sus gráficos (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).
Método y herramientas del análisis de diversidad
  • Estimación de índices de diversidad alfa con pruebas de significancia — QIIME2
  • Construcción de curvas de rarefacción — QIIME2
  • Estimación de índices de diversidad beta con pruebas de significancia — QIIME2, PCoA, PERMANOVA
  • Análisis de abundancia diferencial — ANCOM-BC, QIIME2

Precio: desde 950 €.

Volver al Inicio

Metabarcoding completo — inferencia de ASVs, diversidad y abundancia diferencial de 24 muestras: desde 1.700 €.

Servicios complementarios

Servicios adicionales que pueden pedirse de manera independiente o como complemento de los anteriores. Algunos van además incluidos en los servicios del portafolio; cada uno dice a continuación cuándo.

Preprocesamiento de datos

Control de calidad y limpieza de las secuencias crudas. Va incluido en todo servicio que parta de secuencias crudas, y también se contrata por separado si solo necesitas los datos listos para analizar.

Aportas:

  • Secuencias crudas del secuenciador, sin procesar (FASTQ).

Recibes:

  • Secuencias limpias (FASTQ).
  • Estadísticas del proceso (TSV/reporte).
  • Visualizaciones (PNG/PDF).
  • Reporte consolidado (PDF).

Las herramientas dependen de la plataforma de secuenciación y del análisis al que van destinadas las secuencias: el detalle está en el método de cada servicio.

Precio: desde 180 € hasta 12 muestras, más 12 € por muestra adicional.

Volver al Inicio

Asesorías

Acompañamiento para cuando aún no has secuenciado o necesitas validar lo que ya obtuviste. Al ser asesoría y no análisis, no llevan entregables de datos: el resultado es el criterio con el que tomas la decisión.

  • Asesoría en diseño experimental para la obtención de datos de secuenciación — plataforma, profundidad de secuenciación, réplicas y controles, antes de secuenciar.
  • Asesoría para la validación experimental de los resultados obtenidos a partir de los análisis de secuenciación (ej. confirmación de genes diferencialmente expresados por qPCR).

Precio: 90 €/h de videollamada. El caso se estudia antes, sin cargo, buscando llegar a la sesión con las recomendaciones ya preparadas.

Volver al Inicio

Condiciones del servicio

Volver al Inicio

Contacto

Escríbeme para plantear tu consulta o proyecto.